“日本沉没”之后，沦为“难民”的日本人分散居住在南美亚马逊流域、欧洲各地以及巴布亚新几内亚、澳大利亚等地，但是他们仍然拥有一个奇妙的国度、持有日本国籍的国民，以及以中田为首的日本政府，并且行使着独立的立法权和司法权…… 二十五年以来，“彷徨的日本人”在世界各地开垦农田、建设定居点、开发资源、兴办企业、恢复日本膳食风味……但是，他们的行为激起了当地居民的反感，造成了环境恶化，南美亚马逊流域的开发已经遭到冻结…… 面对这种形势，以中田首相为首的日本年轻幕僚们，决定在海外舰船出没的“日本海”上，实施一项号称“D计划”的巨大的工程：以目前露出海面的白山岩为依托，在禁航海域建造可以容纳一百万人居住和从事生产经营的“巨型浮舟”…… 与此同时，还要在“日本农林水产省”所在地——澳大利亚，设立庞大的研究机关，建设“地球模拟系统”，以便模拟整个地球的气象变化，更大规模地扩大日本人居住地……

某天，N大学理论物理研究所教授大泉和朋友番匠谷教授，请研究所的助手野野村看一座沙钟。那是一座永远漏着沙的沙钟！据说这座沙钟是从白垩纪的土层里出土的。他们为了解开沙钟之谜赶往发掘现场。然而他们并不知道——在这背后，超过十亿年时空的波澜壮阔的战斗正在展开。这?

故事围绕着日本列岛展开。 小笠原群岛北部一个七十米高的小岛一夜之间沉入海底。负责调查工作的地球物理学权威田所博士与深海潜水艇驾驶 员小野寺俊夫潜入海底，在七千米深的日本海沟发现了大规模的异常现象。与此同时，日本列岛上也发生了新干线工 程被迫停工、高速公路大桥垮塌等事故，各地火山活动频繁、地震不断。为此，日本政府秘密召开了专家听证会，会 上田所发出了日本即将沉没的警报。将信将疑的政府部门立即制定了应付紧急状态的“D-1”计划，展开了绝密调查 。随着调查的深入以及“京都大地震”和“东京大地震”的发生，日本面临沉没的事实越来越明朗化，日本政府不得 不在“D-1”计划的基础上制定了旨在拯救日本民族的“D-2”计划。当日本沉没的消息公开时，国际社会立即展开了 救援活动，同时，打探日本沉没后远东局势的情报活动也开始了。 日本列岛沉没了。流离失所的日本人开始了历史性的流浪生活。