几经艰险，许平终于到达闯王李自成的营地。在那里，他开始参照新军的练兵方式打造一支精兵，通过商人购买新式枪炮，新军里出身平民的人也陆续前来投奔。经过许州之战、祀县之战这些战役，闯军的实力慢慢增强。亲眼目睹官兵对百姓的残暴，许平开始采取一系列措施，安抚流民，治理州郡，确保治下的百姓能有饭吃。 明军先后出征闯军失利，朝廷惊慌不已，责成京师的新军南下，开封成为以新军为主力的朝廷军与闯军争夺的焦点，由于存粮不足，坚守的开封城内很可能发生吃人的情况！为此，黄石支持爱将蒲观水带领新军出战，却被闯军战败！ 为了避免吃人的惨剧，许平以粮换人，经历生离死别的百姓发现被换出的亲人竟安然无恙，开封城的军心逐渐开始动摇。在四川，唯一抵抗闯军、招抚百姓的首领杨展在闯军离开后即被其他川军将领害死，四川全境惨遭官兵屠戮，云南因此投降闯军。 黄石的心腹爱将杨致远亲自出征，新军成为朝廷最后的希望，三军各怀心思向开封进发，闯军和新军生死攸关的一场大战即将展开！

镇东侯黄石诱杀叛乱的义兄孔有德，孔有德部下季退思等大将叛乱。刚加入新军的许平等人以志愿军的身份参加了德州保卫战，紧急中，他假冒阵亡将军义子，指挥东森营将士进军德州。苦战之后，许平得以授勋，并与及时赶来援助的金神通结成好友。金神通是世家之子，他与黄石两个儿子之间的微妙关系，出身低微的许平略知一二，却不懂其中关窍。当许平得知茶亭邂逅的心上人竟是黄石之女黄子君时，心中更是辗转。 讨伐山东叛军一战，许平决心以战功求世职，以博取向佳人求亲的资格。在军中，许平力排众议修改战局推演，并夺得先锋之印。对黄石来说，新军重用功勋子弟为官的现状不容乐观，有才干又充满野心的许平，正是他改变新军现状的一剂良药。 但是这次，文官集团再次与新军将领达成了微妙的制衡，许平被迫杀平民以获功。由于指挥失当，新军陷入苦战，许平被朝廷误认牺牲后更替活着的人背上了多重罪名。而此时，许平获悉了黄子君出嫁的消息…… 许平带领的长青营为何会惨败于叛军，许平为何蒙上层层不白之冤，他的人生，今后将走向何方？而此时，乱世中另一位英雄，李自成，早已向许平发出了攻心一击！

凭借对未来的憧憬以及不曾受到末世官场污染的壮志激情，长生岛的军民正奋力地把他们的家园建设得更美好，可长生岛的领袖黄石开始感到迷茫，来到这个时代以后，原本一直觊觎更高权位的心态已经发生了微妙的改变，只是他还不知道威胁并不仅仅来自后金方面。 天启六年正月，历史的滚滚洪流将黄石的东江军卷入宁远一觉华之战。努尔哈赤亲率大军倾巢而出，令吓破了胆的明军望风而逃，后金兵不血刃连下大凌河、小凌河、锦州、松山、杏山、塔山等十几座城市、堡垒，明廷苦心经营数年，耗费千万白银构筑的大批堡垒、储备的无数物资尽数落于后金之手。不过数日，后金兵锋便直指辽西防御中心宁远堡，位于辽西防御体系深远后方的补给中心党华堡很快也直接暴露在后金兵刃的寒光之中。黄石千里救急，率长生岛精锐日夜兼程赶往觉华。这一去，他能否挽救原本历史上惨遭屠戮的数万百姓？觉华大胜后，黄石看似～帆风顺的前途背后却隐藏了一个更加可怕的巨大危险！究竟是什么，在他身后虎视眈眈？

一晃眼数年过去，新生的长生岛社会已经变得和这个时代迥然不同，严格而人性化的制度条例、日益庞大的经济规模、新式武器的不断研发使得长生岛的战斗实力急遽提升，在海内外声名大噪。金州阻击战中，黄石力挽狂澜，于死地寻得生机，后金皇太极开始重视并忌惮这个对手，而辽东战局也一改既定面貌，变得更加扑朔迷离。远在日本，长生岛秘密进行数年的假钱买卖受到幕府打压，为了稳固财路，黄石不惜瞒着朝廷，将军队开向日本，一举打灭幕府的嚣张气焰。而在朝堂之上，阉党和东林党的党争也开始白热化，魏忠贤对东林权臣开始了毁灭性的打击，两党对耀眼的长生岛更是加码拉拢。 天启五年八月，统领东江左协的黄石挥师进攻盘踞复州的后金势力，皇太极诈逃，并在明军身后布下天罗地网，而黄石以一协之军力对抗后金七十牛录之众，更加上历史已改，胜负的天平已不再向黄石倾斜，没有历史作为依靠，黄石能否以少击多，获得这场恶战的胜利？身在边境，黄石却不可避免地在党争的旋涡里浮沉，而最初那不可告人的大秘密、大志向，是否还会实现？在这汹涌诡谲的历史浪潮里，黄石，这个幸运的穿越者、野心家，到底要为自己做出怎样的选择？

大战之后的帝国变得极其虚弱。黄石率其部队回到福建，却发现此处海防已经极其混乱。海贼势力日渐坐大，竟有垄断海上贸易之势。黄石力主严剿海盗，绝不招安他立下重誓，势必于两年内剿匪成功。剿匪的资金全由黄石承担。重压之下黄石决定采用“靖海大借款”筹措资金。大明海军经黄石整改焕然一新，毅然发动了对海寇的第一次清剿。 同时，朝廷因平辽一事再起波澜。袁崇焕毛遂自荐五年内定平辽事，崇祯帝给予其大力支持。崇祯二年，皇太极宣布起兵伐明。同年，皇太极创造了一个军事奇迹，他成功地奇袭了大明蓟镇此时黄石率舰队跨越了千里的大陆和海洋向后金军疾驰而来，将其围追堵截于遵化城，一场针锋相对的殊死战迫在眉睫！

不到三十年的时间，中国就从世界的顶峰跌落到谷底，七成子民都死于非命，明末文官集团的“无能”也到了令人发指的地步。为了扭转历史上这个悲惨的局面，黄石一方面积极为长生岛的军事实力加码，一方面稳固海外贸易，从中获得强大的经济支持。 被长生军压着打的后金政权几经惨败，不复历史上的强势，正急速滑向颓败。为了赢得喘息空间，皇太极一面恶意中伤黄石，一面与明廷假意议和。在这“议和”的幌子后，皇太极设下了天罗地网，企图一举扭转被动局面。

为了破除封建制度的魔障，黄石不动声色地开始对自己的军队进行了巨大的整改，对内解散私兵、“克扣军饷”，对外进行海贸，短短几年，他成功地摘掉了“厕所将军”的可笑帽子，而最不起眼的长生岛救火营也开始名动天下。 经过旅顺战役之后，黄石和他的救火营逐渐在东江军中站稳了位置。在盖州一带，黄石巧妙地借用自己的历史知识，一举狂胜后金军队，狠狠挫伤了整个后金军的士气。明朝的整个环境也因为战事捷报频传而获得了一个宝贵的相对稳定的发展机会，农业、商业蓬勃发展。 随着阉党和东林党的党争日益激烈，东林党逐渐淡出历史舞台。亳无根基的阉党头目魏忠贤为了稳固地位，极力拉拢黄石这颗耀眼的新生代将星。而苦苦挣扎的东林党元老也对这朵军事奇葩青睐有加、着力栽培，希望能够依靠军队的力量重振雄风。借着这阵阵东风，黄石志得意满，离心中那最大的理想更加接近。然而就在黄石感觉到身边的危险都逐渐远去时，一个更大的危机正在向他靠近……