「SAO」事件後經過了一年。 某一天，桐人接到了總務省「假想課」菊岡誠二郎的奇怪委託。 那是在槍械與鋼鐵的VRMMO「Gun Gale Online」裡突然發生的「死槍」事件。被拿著漆黑之槍的謎之角色所擊中的玩家，在現實世界裡也會隨之「死亡」……無法拒絕幫忙調查的桐人，雖然對於「假想世界」對「現實世界」發生物理影響這件事感到不可置信，但他還是登入了「GGO」。 桐人為了尋找關於「死槍」的線索而在不熟悉的遊戲裡徘徊。這時對他伸出援手的，是一名慣用大型來福槍「黑卡蒂Ⅱ」的少女詩乃。 全新故事即將展開！

“SAO”事件已经过去了一年。 某一天，桐人接到了总务省“虚拟课”菊冈诚二郎的奇怪委托。 那是突然发生在充斥枪械与钢铁的VRMMO“Gun Gale Online”里的“死枪”事件。被拿着漆黑之枪的迷之角色所击中的玩家，在现实世界里也会随之“死亡”……无法拒绝的桐人答应帮助调查，虽然对于“虚拟世界”对“现实世界”发生物理影响这件事感到怀疑，但他还是登录了“GGO”。 桐人为了寻找关于“死枪”的线索而在不熟悉的游戏里徘徊，这是对他伸出援手的，是一名惯用大型步枪“黑卡蒂Ⅱ”的少女——诗乃。 全新故事即将展开！

为了拯救尚未从SAO里归还的亚丝娜，桐人登录到可疑的网络游戏VRMMO“ALfheim Online”里。 这款次世代飞行系游戏“ALO”里有着“魔法”概念，以及根据玩家的反应力与判断力来决定胜负的动作游戏要素，再加上能变成“妖精”在天空翱翔的“飞行系统”和不下于“SAO”的高性能，所以让许多玩家深深为之着迷。在游戏当中成为“守卫精灵”的桐人，拼命朝着亚丝娜被幽禁的所在地——同时也是所有玩家最终目标的“世界树”前进…… 在路途当中，桐人虽然因为“火之精灵”这个精灵种族的阴谋而陷入了九死一生的危机，但在得到“风之精灵”的少女莉法帮助以及导航妖精结衣的辅助之后，终于得以逃出生天。 而桐人最后终于来到“世界树”的根部。但就在这个时候，莉法和桐人无意间知道了彼此的“秘密”……