為了讓最強的等級5超能力者一方通行提升能力，在學園都市將兩萬名美琴的複製人「妹妹們」全數殺死的「絕對能力進化計畫」。美琴為了阻止這項實驗，而打算向一方通行挑戰。但就在這時，上条當麻卻出現了……最強與最弱的男人激戰開始！

與一方通行的對戰之後，讓美琴得知了與自己的複製人相關的殘酷事實，卻也讓自己成為學園都市其他等級5超能力者的目標。與學園都市排名第4的等級5超能力者麥野沉利的對陣，美琴是否有勝算？

美琴與「幻想御手」事件的幕後主使者木山春生面對面了，但木山卻以強大的多重超能力讓美琴無法招架，美琴究竟該如何制勝？ 本集另收錄黑子與初春在新人研修時期相識的前傳故事。

因「幻想御手」所引發的事件有越趨擴大的傾向。連初春的同學佐天淚子也成為「幻想御手」的被害者之一。在黑子與美琴等人的調查之下，逐漸抽絲剝繭發現其中的幕後黑手，但美琴卻在與真兇對陣時敗下陣來…？

在聽說了「這個城市裡有超電磁砲的複製人」的傳聞後，美琴雖然覺得只是八卦消息，還是決定去一探究竟調查真相。而在某天，美琴終於和自己的複製人「妹妹們」其中之一相遇，卻也揭開了隱藏的殘酷事實…！

有230萬人口，其中八成人口為學生的「學園都市」，是比其他地區科技更為先進，並從事「超能力開發」的特殊地區。而整座學園都市中僅有七人的等級5超能力者之一御坂美琴，由於她的能力與個性使然，因而被捲入了學園都市中所發生的種種事件……

最強與最弱的對決， 會是什麼樣的結果？ 上条與一方通行的激戰 誰才是最後的勝利者？ 而學園都市的一大活動大霸星祭將至， 但是否又是另一場風波的前兆？

本故事其实可以说是正本《魔法禁书目录》的外传漫画。不过，并没有小说版的支持，可以说是原创的故事。相对於已经发布了好几本小说的正传，似乎更有些看头？故事的焦点，主要集中在正传的那些配角身上，從从另外一个侧面，展示著学园都市的一切。可以说是对正传的一种补完，同时也变相的满足了一下百合控们的糟糕心理。