一起海上凶杀案牵出了哥伦比亚对美国猖獗的贩毒和洗钱活动。联邦调查局局长、美国大使等人也被毒贩谋杀，美国为此打响了毒品反击战。总统国家安全事务顾问卡特策划了向南美丛林派遣秘密行动小组用武力重创毒贩的行动。但在一个主权国家里秘密开展军事行动是极其危险的，而行动中的伤及无辜又使局面变得更为复杂。中央情报局副局长杰克·瑞安虽不知情，却从重重危机中洞察真相。最终，瑞安亲自从哥伦比亚山区营救出了参与秘密行动的突击小组成员。

一九八二年，苏联控制下的波兰局势动荡，新当选的波兰裔新教皇约翰·保罗·卡罗尔二世在一封信中表示，打算辞去圣职回到祖国，同遭受苦难的人民在一起。适逢冷战时期，苏联领导层惧怕新教皇的言行会危及社会主义阵营的团结及苏联的国家稳定，精心密谋刺杀教皇。苏联情报局的特工对此行动心怀疑问，于是与英美情报机构联系，以机密信息为筹码，要求将其全家人移居至美国。当时还是历史老师的杰克·瑞安受中情局局长之邀，成为自由情报分析员，参与听取了代号“红兔”的苏联叛逃特工的汇报，联合英美两国情报人员，展开了“比亚特丽丝行动”，把“红兔”送往英国，并阻止这个足以撼动整个西方世界的阴谋，拯救教皇。

双胞胎多米尼克·卡卢索和布莱恩·卡卢索分别任职于美国联邦调查局和海军陆战队，他们的表兄弟肖瑞安则是前总统瑞安的儿子。三位优秀的青年都是一个独立的间谍调查机构“亨得利协会”的情报人员。该机构只受命于前总统瑞安，打击活动不受联邦预算的限制；他就像老虎的牙，在美国未来的反恐斗争中奖扮演重要角色。本书的内容分为两部分，第一部分是三维主人公的锻炼经历：小瑞安进入“亨得利协会”，多米尼克独自处理了一起枪击案，布莱恩刚刚从阿富汗战场归来。他们欣然接受了反恐这份新工作。恐怖分子和哥伦比亚的毒品走私集团相勾结，偷偷进入美国境内，将美国中部的四家大型购物中心作为目标，杀害了许多无辜平民；小说的第二部分讲述了美国人的报复行动，“虎牙“开始反击，卡卢索兄弟和小瑞安先后飞往欧洲，采用最先进的暗杀武器--消灭了中东恐怖分子的多名主谋。

中东战争遗失核弹引发全球大恐慌，中情局孤胆英雄舍命拦阻超级争战。 一九七三年的叙以战争中，一架以军战机被击落后坠毁，机上一枚仍未引爆的核弹与飞机残骸长埋地下。多年后，核弹被一老农从自家的菜地里发掘出来，经转手落入欧洲极左恐怖分子手中，他们准备策动一场惊天动地的阴谋，意图煽动美俄开战并互相摧毁。一方面，恐怖分子在美国丹佛天穹体育场内引爆了事先安装在一辆货车内的核弹，并使爆炸看上去像是俄国人所为。另一方面，他们又化装成俄国军人，向驻扎在柏林的美军部队开火，造成美俄两国政治上的误解。美国政府下令准备全面反击，俄罗斯获悉后也采取了应对行动，一时局势极度恐惧。美国中央情报局副局长杰克·瑞安经过深入调查，终于找出了袭击事件的真正策划者，若不能在有限时间内同时解除两国首脑的误会，第三次世界大战将一触即发……

《克里姆林宫的枢机主教》故事在二十世纪八十年代美苏两国争夺星球大战计划和高科技武器优势的背景下，围绕步步紧逼的追捕和骇人听闻的审讯，以及政治阴谋、情报刺探等内容展开。当苏联发展能够在太空轨道中摧毁宇宙空间站的激光武器时，美国中央情报局遂特别动用“枢机主教”来收集“亮星”工程的绝密情报。“枢机主教”潜伏在克里姆林宫已长达三十余年，从未遭到苏联反间谍机构的怀疑，不料此次马失前蹄，落入克格勃之手。为实施营救计划，杰克·瑞安只身深入虎穴，亮出“红十月”号这一杀手锏，逼使克格勃主席救出“枢机主教”叛逃。与此同时，对苏联怀有国仇家恨的阿富汗游击队在美国的支持下，袭击“亮星”工程的实验基地；克格勃渗透进美国研制激光武器系统的“运茶快船”工程，绑架负责该项目的工程师……中情局和克格勃围绕激光武器与导弹防御系统展开了一场惊心动魄的间谍战。从阿富汗山区到新墨西哥高原，从华盛顿到莫斯科，世界和平就掌握在克里姆林宫的“枢机主教”手中。

中央情报局特工人员约翰·克拉克，拥有许多与杰克·瑞安相同的特质，但也同时拥有九十年代后期某些人惯有的偏执：他笃信暴力可以解决一切，认为武力是吓阻恐怖主义的最佳手段。他鉴于在冷战结束后仍有许多恐怖份子继续在世界各地活动，因此向总统提议成立反恐怖活动的部队，以扫除世界上所有的恐怖主义。提议获得同意，克拉克也成了这支部队的总指挥。 于是，一支由美国中情局人员，结合英、法、德精英所组成的特种部队便从而诞生，并取名为“彩虹”，而克拉克就是最高指挥官“彩虹六号”。 “彩虹”部队刚刚成立，世界上恰巧发生了接二连三的恐怖事件，正好给了反恐精英展露头角的机会。这一连串事件虽然看似各自独立，但发生时机的凑巧却引起克拉克的重视，尤其是当俄国开始针对彩虹部队进行调查之后，更令克拉克怀疑这些恐怖行动是否与俄国有关？ 在彩虹部队与恐怖份子对峙之际，更大的危机却正一步步逼进，而且一旦爆发，将把人类推向灭亡…… 汤姆·克兰西藉由彩虹部队、前苏联克格勃特工、悉尼奥运会，以及一群对环境保护环有激进思想的美国科学家的叙述，进而巧妙地揭露整个故事的中心主题――埃博拉病毒的秘密。 全书充满许多在混密通信、传送和解密方面的最新科技发明，其逼真之程度，令各国政府都大感震惊，而且都不敢承认他写的是确有其事。