「劊子手拔刀齋」是幕末時代最強的劍客。但進入明治後，這名字已在人們的記憶中成為傳說，逐漸消失。但隨著一名浪人「緋村劍心」到訪東京．活人劍道場「神谷活心流」開始，故事揭開了新的序幕。