西元二零二九年，在電腦網路科技發展突飛猛進的近未來大都會，人腦和電腦間藉由「成長性神經端子」(MM)的發明，使兩者之間有了可聯繫的介質。不僅電腦的密度大為增加，且藉MM的植入人體，等於對外又建立了一套神經網路，可與電腦、他人和機械身體的系統連線或加以控制，但也由此產生了新型態的電腦犯罪。攻殼機動隊正是為了因應此類犯罪、並兼任為政府執行暗殺任務的「另類特種部隊」！