三星防线上，人类与外星异型残酷的战争仍在继续，回到雷隆多的黄而再次负担起拯救自己和同伴的重任。此时因为幻界战争失利,GDI的工作重心由幻界转移到三星防线，使得三星防线迅速发展壮大起来。谁也不知道，更大的危机正在悄悄袭来……外星异形突出出现在地球上空，人类的未来将何去何从？