《 幸福蔷薇系列:蔷薇少女馆2》讲述了假期里，蔷薇少女馆众成员跟随现任馆长凌霄前往他出生成长的地方进行探险，此地与世隔绝，充满神秘感。探险之旅刚迈出第一步，凌霄的同伴们竟然被神秘人掳走了，对方留给他的是几个写在纸上的谜团。为拯救同伴们，凌霄孤身踏上了解谜的旅程，并于旅程中陆续得到兄长与新朋友的鼎力相助。谜团陆续被解开，同伴们一一回归，迎来最终谜底时，却有一个天方夜谭般的危机从天而降。凌霄与同伴们如何解决这个危机？而最终谜底是恶意还是善意？假期结束后，他们返回蔷薇少女馆，继续以“替纯洁少女们排忧解难”为己任。在一贯和睦的氛围下，蔷薇少女馆成员之间竟然陆续爆发出以那场探险之旅为导火线的各式情感危机。同时，他们面临着成长的烦恼，蔷薇少女馆也面临着是否会因为他们的成长而消失的危机？