寶生小百合終於在小遙與音彌面前展現真面目！但是卻在抓著小遙逃跑的過程中遭到射殺！而擔心小遙安危的藤丸，主動跟麻耶提出交易的要求。藤丸提出的要求，居然是跟敵人的參謀見面！沒想到身為恐怖組織參謀的「J」也答應這個要求，前來與藤丸見面…

正在被「THIRD-i」審問的折原麻耶突然提出要做司法交易的要求！眾人在半信半疑的狀況下，答應了麻耶的要求，在麻耶的帶領下離開了「THIRD-i」的總部。沒想到這一切都是個謊驗，麻耶是為了要在潛伏於「THIRD-i」內的間諜一起離開才這麼做的。而藤丸也在路上發現間諜的真面目。沒想到間諜居然是一個意想不到的人物！

在經過一陣鬥志之後，藤丸終於成功的揭開麻耶的真面目，並且成功的抓住麻耶。但就在麻耶被「THIRD-i」審問時，神祕組織的計畫還是在進行。而藤丸在一次偶然的機會下與正在逃亡的父親重逢，還替父親打敗了前來追殺的殺手。而藤丸的父親也把兩個重要的東西交給藤丸…

因為遭神秘組織盯上，藤丸父親被栽贓為殺人犯，妹妹小遙遭人綁架。儘管藤丸靠新聞社的眾人之力，成功救回小遙，但小遙卻又再次被綁架！眼看小遙命在旦夕，藤丸想出的計策是……？

俄羅斯的西伯利亞鐵路列車上，發生病毒大流行事件，造成許多人喪生。而這個病毒被一位名叫麻耶的女性帶進日本，這個女性所屬的組織，企圖利用這種病毒進行名為「血色星期一」的恐怖攻擊。少年高木藤丸的父親所隸屬的政府祕密組織察覺這件事情，而正在進行調查，沒想到敵方組織已經先行下手，將藤丸的父親誣賴為殺人犯，而接下來他們的目標，就是已經知道部份祕密的藤丸…