十月。大量的死鱼从深海漂到上海东岸。格林兰岛的冰盖在急剧消融。海水在以几乎每24小时一米的速度迅速上升。平均海拔只有五米的上海危在旦夕。而同时，世界各国在静止轨道上的卫星受到干扰。 李古力奉命到上海请老一辈科学家张大明出马协助，却发现张大明失踪。海洋学家禹红发现了张大明遗留的应对海水上升的论文批注，参加了搜寻张大明的行动。李古力和欧洲之鹈间谍分别在上海和杭州遭遇。 众多迹象显示，张大明去了格陵兰岛，而美国中情局的吉姆也已经在去格陵兰岛途中。大规模剧烈磁暴发生，许多通讯卫星消失，大部分通讯中断。上海民众开始向西撤离。 渔民的儿子20岁的唐强终于决定去上海打工。在抢救女友幼儿园孩子时被压到被水冲垮的房屋中。救援军队把女友和其他孩子强行撤离。带着李古力四人小队和禹红的包机上升到一万三千米高空时，突然出现异常云团，随即他们的飞机信号从地面雷达消失。 南极开始冰融，长江上游暴雨夹裹着奔腾的江水和沿岸汇集的湖水冲向低处的上海，海水倒灌而上。上海的最后一刻已经到来。

李古力一行到达从外星系来的南极人地心基地，了解到海水上升是外星来的金乌人所为。喜水的金乌人要淹没地球从而占据地球。 为了共同的利益，李古力上了金乌人的飞船，却没有发现任何金乌人，并且发现任何炸弹都无法摧毁金乌人的飞船。 王贵华在金乌飞船上探索的过程中手腕受伤，高雅妮在为他清洗伤口时发现了吸收水分的怪异生命。 在经历并战胜“幻觉走廊”、“2.5度空间”、“情绪牢笼”、“金鸟阵”给他们带来的困难和危险之后，李古力一行又陷入了金乌人的“水墙迷阵”，并且爱上了金乌人的“金乌之城” ——那里没有工作的概念、没有货币，物质的产生不是通过人类式的劳动，而是通过每个人做自己喜欢的事时产生的多余能量而完成。每个人都有属于自己漂亮的房屋，爱情也是简单而温馨。 李古力带领众人违背自己意志离开“金乌之城”后，遭到了金乌人的攻击，而后被俘，而禹红的基因让她意识突然觉醒，从而救了大家。 禹红凭着先辈的记忆指引，终于找到金乌人弱点所在。一番激战之后，金乌人飞船的隐形防护罩破灭，飞船被摧毁。 海水下降，上海得以拯救。