萊納跟貝爾托特的真正身分被揭穿之後，就抓走了艾連跟尤米爾要回到故鄉交差，她還決定協助萊納他們順便將克里斯塔給抓回去。當他們發現調查軍團已經追趕上來，決定在天還沒黑之前就提前行動。此時艾連突然失控阻撓，使得調查軍團能夠順利趕上。

１０４期戰鬥軍團好不容易擊退了突然出現在羅塞之牆附近的巨人，休息沒多久超大型巨人跟盔甲巨人卻又紛紛出現，更令重人驚訝的是他們的身分竟然都是原本調查軍團裡的士兵。儘管艾連變成巨人與盔甲巨人爆發戰鬥，卻依然不敵還被對方帶走。

羅塞之牆附近突然出現一群巨人。 包含104期學員的調查軍團正趕著要確定巨人出現的地點， 於是暫時在羅塞附近的厄特加爾城過夜。 不過，原本以為不會在夜間活動的巨人卻將整座城給包圍了…

人類的最大天敵『巨人』。 在反覆進行捕食人類、再加以嘔出之神秘行動的巨人嘔吐物當中，發現了一名嬰孩。燃燒將熄之生命燭火竭力哭叫的這名小嬰孩，被稱作「巨人之子」而為人們所厭惡忌憚，並被當成畸形展示品，宛如野生兒一般逐漸長大成人。經過十幾年的歲月，「巨人之子」裘克洛透過與少女‧夏露露的朝夕相處，而日漸找回身為人類的知識、愛心與靈性。但在這段期間，巨人的威脅始終未曾止息，人類只能忍氣吞聲地多在高牆內側過生活……為了斬斷自己的身世背景，以及賭上人類的生死存亡，裘克洛決定加入「調查軍團」。『進擊的巨人』原創小說第２彈正式揭開序幕！

幾名１０４期的士兵發現一群巨人從南方接近當中，他們研判應該是羅塞之牆已經遭到破壞，於是他們決定分成四小組去通知人員避難。而南小組當中的米克分隊長獨自去應付那群巨人，因而發現不曾見過，全身長滿毛髮的奇行種，對方不但有智慧還會開口說話…。

在上次捕捉「女巨人」的任務失敗之後，調查軍團私底下擬定一項計畫，打算在返回王都通過席拿之牆‧史托黑司區的時候，利用艾連將潛伏在憲兵團裡的女巨人引出來。由阿爾敏主動找上人在憲兵團的亞妮幫忙，請她協助艾連逃走。

無人知曉『那個』究竟是從何而來，以及到底為了何種目的而存在。只是一再遭到捕食的人類，就只能躲在高牆內側求生存……在工房任職的主角．安海爾，負責開發守護調查高牆外側情況之調查兵團免遭『巨人』毒手的兵器。但沒人知道『巨人』的弱點是什麼，至今也尚未出現成功擊殺他們的英雄。跨越諸多屍骸的安海爾著手開發唯一能夠用來對抗巨人的《裝置》。然而保守派卻疾呼犯不著特地設法對抗『巨人』，導致高層作出了解散調查兵團的決定……難道人類就只能過著對『巨人』束手無策，成天提心吊膽的日常生活嗎！？大人氣漫畫『進擊的巨人』前傳終於以原創小說的形式粉墨登場！

調查軍團想藉由艾連的力量奪回瑪利亞之牆，於是組成一支部隊護送他前往。原本一路上都很平靜無波，但是突然出現的女巨人卻開始攻擊阿爾敏，當他摔下馬原以為這下死定了，沒想到對方竟然是確認了他的臉，之後就離開了。這舉動讓阿爾敏懷疑那個女巨人是跟艾連一樣由人類變成的。

當時艾連變成了巨人，人類才能夠首次成功擊退巨人，但是他的存在卻引起兩種極端的反應，為此還特地由總統召開一場審議會，來決定艾連今後的命運。儘管憲兵團認為應該儘快將艾連處理掉，不過相對的調查軍團卻想藉由艾連的力量奪回瑪利亞之牆。

為了封住被巨人所破壞的城牆，人類決定讓巨人化的艾連拿著岩石將破洞封住，還派出精銳小組陪他一塊執行任務，但是艾連來到中途卻失去理智，在阿爾敏鍥而不捨的呼喚之下，終於才讓他再次醒過來繼續完成任務，人類才得以首次打敗巨人贏得勝利。

原本應該是被巨人吞下肚的艾連，如今自己卻成了巨人還攻擊同類，最後體力不支而倒地。後來被米卡莎所救回，但是卻遭到駐紮軍團的質疑並且將他們包圍起來。艾連他們要如何度過這個危機，人類又會想出什麼方法來對付巨人呢？

艾連為了救阿爾敏，結果自己卻被巨人給吞下肚，這景象讓阿爾敏大受打擊，整個人被嚇傻不知所措。另一方面，米卡莎及時趕到殺死了巨人，才挽救了被堵在城門動彈不得的大批居民，不過她當時還不知道艾連所發生的事。

調查軍團為了找出藏在艾連老家的「巨人之謎」於是進行一次牆外調查，在途中遇上了巨人來襲，於是他們轉進了森林，並且在其中困住了一個具有智慧的「女巨人」，正當他們試圖揪出躲在巨人體內的傢伙，女巨人突然放聲尖叫，把其他巨人全部吸引過來…。