Hordes of akuma are arriving in Edo to join the Earl, who has found a nefarious use for one of the greatest of all Biblical artefacts. Meanwhile, one akuma has invaded the Asian Branch of the Dark Order to take care of Allen once and for all. Allen doesn't appear to stand a chance, but the very nature of the akuma's attack starts something no one could have anticipated, and might wind up changing the fate of the world!

因為科穆伊室長所製造的病毒，使得科學班成員接連地變成了殭屍，並且開始襲擊亞連等人。為阻止感染源的擴散而開始進行抗體的製作，但柯洛利卻在這時覺醒，出現了不可思議少女的靈魂！事件的真相究竟是怎麼一回事？

在教團本部展開瘋狂殺戮的等級４，目標指向了科穆伊…在這窮途末路之時利娜莉自己將INNOCENCE注入體內而得到了新的力量！再加上不斷持續激戰的亞連，教團方面終於開始反擊！

藉由亞連的協助，神田與阿爾瑪成功逃往沒有人追得到的地方。阿爾瑪的生命終於走到盡頭，而第三使徒則經由諾亞之手…。另一方面，因為「第14號」的覺醒，亞連被視為危險的存在，遭到教團的幽禁。此時前往探訪他的人是…!?

亞連從神田的過去返回現在。但阿爾瑪終究變成了AKUMA，將北美分部給破壞！神田為了打倒阿爾瑪不斷戰鬥著，但第三使徒的身體也產生了某種變化…。亞連想要阻止這場悲哀的戰爭，然而──!?

亞連闖入了第二驅魔師．阿爾瑪＝卡爾瑪沉睡的房間。在那裡，諾亞們企圖利用神田使阿爾瑪覺醒！被牽扯進來的亞連，即將知道神田和阿爾瑪悲慘的過去…!!

在孤兒院與等級4的激戰中，亞連也被退魔劍給砍傷。退魔劍應該只會砍死邪惡之人才對…。懷著不安要素的迪蒙西加入同伴而使怪盜事件得到平息，但諾亞們又展開了新行動…!!

克勞斯元帥事件過了三個月後，在巴黎發生神出鬼沒的怪盜G擾亂社會事件。就算被警察逮捕還是有新怪盜出現，因此懷疑G是INNOCENCE的持有者，於是亞連等人和警察一起追蹤。雖然抓到了人，結果又出現新的怪盜G!?

利娜莉的INNOCENCE擊破等級３的惡魔，是「心」的可能性很高!?一行人付出眾多的犧牲，抱著些許的希望，在改造惡魔的帶路下，終於抵達克勞斯所在的日本。但眼前等著他們的，卻是伯爵率領的惡魔大軍─!!

少了亞連，利娜莉等人還是決定前往日本。在海上他們遭遇等級３的惡魔‧畫師強烈的攻擊!!拉比起死回生的「木判」會有用嗎!?為了打倒畫師利娜莉強制開放INNOCENCE，她的命運會是…。

古代都市馬帝爾。奇怪現象「馬帝爾亡靈」出現在這座荒廢已久的城市。驅魔師‧亞連和神田動身前往當地，卻在那裡遇到了…。驅魔師與惡魔之間的INNOCENCE爭奪戰開始!!

惡魔是以『機械』、『靈魂』與『悲劇』為材料所製造出來的惡性武器。「千年伯爵」製造出這些悲哀的惡魔準備將世界帶向終點，為了對抗千年伯爵，左手擁有神之十字架的驅魔師‧亞連挺身而戰!!

「色」之諾亞露露‧貝爾率領的惡魔群侵入教團本部，科學班成員首當其衝！亞連為了拯救同伴而奮鬥，元帥們也加入戰局，試圖挽回局面!!另一方面，失去INNOCENCE的利娜莉──!?

方舟瀕臨崩毀，克勞斯元帥以壓倒性的實力擊退帝奇！但是千年伯爵出現，加快了新方舟的傳送速度。元帥說只有亞連能夠阻止這一切。而亞連被轉移到有鋼琴的房間!?

帝奇倒下之後，蘿特將憤怒的情緒發洩於拉比身上！精神逐漸動搖的拉比，竟然開始攻擊亞連。亞連是否能夠取回拉比的心？方舟即將崩毀，另一個驚人的狀況又發生了──!!

柯洛利與賈絲大衛纏鬥，進入瀕死狀態。亞連等人繼續前進，來到蘿特與帝奇的房間。塔逐漸崩毀，與帝奇對戰的過程中，亞連的INNOCENCE再度發生異變？另一方面，柯洛利的命運又是──？

舊的方舟開始崩毀，亞連等人困在裡面難以突破。現在他們遇上賈絲戴洛＋大衛＝賈絲大衛!! 新的敵人擁有奇妙的子彈，他們把重要的鑰匙給藏起來了！怨恨克勞斯的他們，真正的目的究竟是什麼…？

驅魔師們在江戶，與伯爵率領的諾亞，展開激烈衝突！亞連復活了，他也加入戰局!!才剛重逢沒多久，亞連他們就掉入伯爵的陷阱裡。現在他們被困在逐漸崩毀的舊方舟裡面…!?