因為科穆伊室長所製造的病毒，使得科學班成員接連地變成了殭屍，並且開始襲擊亞連等人。為阻止感染源的擴散而開始進行抗體的製作，但柯洛利卻在這時覺醒，出現了不可思議少女的靈魂！事件的真相究竟是怎麼一回事？

在教團本部展開瘋狂殺戮的等級４，目標指向了科穆伊…在這窮途末路之時利娜莉自己將INNOCENCE注入體內而得到了新的力量！再加上不斷持續激戰的亞連，教團方面終於開始反擊！

亞連闖入了第二驅魔師．阿爾瑪＝卡爾瑪沉睡的房間。在那裡，諾亞們企圖利用神田使阿爾瑪覺醒！被牽扯進來的亞連，即將知道神田和阿爾瑪悲慘的過去…!!

克勞斯元帥事件過了三個月後，在巴黎發生神出鬼沒的怪盜G擾亂社會事件。就算被警察逮捕還是有新怪盜出現，因此懷疑G是INNOCENCE的持有者，於是亞連等人和警察一起追蹤。雖然抓到了人，結果又出現新的怪盜G!?

利娜莉的INNOCENCE擊破等級３的惡魔，是「心」的可能性很高!?一行人付出眾多的犧牲，抱著些許的希望，在改造惡魔的帶路下，終於抵達克勞斯所在的日本。但眼前等著他們的，卻是伯爵率領的惡魔大軍─!!

少了亞連，利娜莉等人還是決定前往日本。在海上他們遭遇等級３的惡魔‧畫師強烈的攻擊!!拉比起死回生的「木判」會有用嗎!?為了打倒畫師利娜莉強制開放INNOCENCE，她的命運會是…。

惡魔是以『機械』、『靈魂』與『悲劇』為材料所製造出來的惡性武器。「千年伯爵」製造出這些悲哀的惡魔準備將世界帶向終點，為了對抗千年伯爵，左手擁有神之十字架的驅魔師‧亞連挺身而戰!!

「色」之諾亞露露‧貝爾率領的惡魔群侵入教團本部，科學班成員首當其衝！亞連為了拯救同伴而奮鬥，元帥們也加入戰局，試圖挽回局面!!另一方面，失去INNOCENCE的利娜莉──!?

柯洛利與賈絲大衛纏鬥，進入瀕死狀態。亞連等人繼續前進，來到蘿特與帝奇的房間。塔逐漸崩毀，與帝奇對戰的過程中，亞連的INNOCENCE再度發生異變？另一方面，柯洛利的命運又是──？

舊的方舟開始崩毀，亞連等人困在裡面難以突破。現在他們遇上賈絲戴洛＋大衛＝賈絲大衛!! 新的敵人擁有奇妙的子彈，他們把重要的鑰匙給藏起來了！怨恨克勞斯的他們，真正的目的究竟是什麼…？

驅魔師們在江戶，與伯爵率領的諾亞，展開激烈衝突！亞連復活了，他也加入戰局!!才剛重逢沒多久，亞連他們就掉入伯爵的陷阱裡。現在他們被困在逐漸崩毀的舊方舟裡面…!?

艾莉蒂惡魔的本性已經完全顯露，亞連的左眼復甦！吸血鬼柯洛利之戰的真相即將明朗化！另一方面，INNOCENCE「心臟」的爭奪戰，教團遭遇嚴重損失…。