污染物質破壞生態系後，人類僅能在與大地隔絕的〈自律型移動都市〉中生活。雷馮就是生活在其中之一的學園都市〈潔爾妮〉裡的武藝科新生。 事情的開端是雷馮在故鄉的青梅竹馬莉琳，她寄給雷馮的信在偶然情況下被一名少女拿到，又偷偷地拆開…… 對此完全不知情的雷馮，正為著與小隊長妮娜之間，滿是裂痕的關係，還有「戰鬥」的意義感到相當煩惱。另一方面，妮娜也在何謂「強悍」的自問自答中度過迷惘的每一天。 沒想到那封信就像陰晴不定的風一般四處飄流，悄悄地引起了一陣漣漪── 2008年動畫化確定，史上最強的學園動作科幻故事，第二彈！

這是遭受豐碩大地捨棄的世界。 異形污染獸在都市周圍闊步，人們則是居住在以自我意識步行的〈自律型移動都市〉裡面。身為其中一座都市──學園都市〈潔爾妮〉裡新入學生的雷馮雖是一般科學生，卻因發生在開學典禮上的騷動，而被學生會長看穿了自身的才能，陷入被迫轉到武藝科的窘境。在〈潔爾妮〉為了防備來自污染獸的攻擊，被選拔出來的人們組成了自衛小組。而雷馮，就這樣被分配到好勝少女──妮娜的小隊。然而這樣的他卻有不能握劍的理由…… 捨棄戰鬥的少年與一名少女的邂逅──產生了奇蹟。史上最強的學園動作科幻故事，就此隆重展開！

兩人的相遇，就像命中注定一般── 「沃爾夫修丁，只有這種程度嗎？」少年有如囁語似的低喃著。「薩林邦教導傭兵團……」為了調查能夠快速提高剄流力量的違禁酒走私事件，潔爾妮都市警察與雷馮遭遇到某個持有偽造學生證的集團。那群人之中，有一位名叫海亞的少年。居然是古連丹引以為傲的最強傭兵集團第三代團長──海亞，但他為什麼會出現在這裡？並且違禁酒事件也查到了潔爾妮的學生身上，這個事實將會引來命運之神的無情地捉弄…… 動畫2009年放送中，史上最強的學園動作科幻故事，強勢登場！

「這件事跟雷馮有關，所以妳才會災難臨身。」這是散布在污染大地上的其中一座〈自律型移動都市〉──槍殼都市古連丹。在這裡等待雷馮歸來的莉琳面前，忽然出現了一名銀髮青年。他的這一番話，讓莉琳的身軀無法抑制地顫抖了起來…… 另一方面，在學園都市潔爾妮裡的雷馮，他所屬的第十七小隊則是接到了前往廢棄都市偵察的命令。同行的第五小隊隊長哥爾尼歐不知何故，注視雷馮的眼神中竟然帶著敵意。因過去錯誤而遭逢挫折的雷馮，支持他的人將會是…… 史上最強的學園動作科幻故事，激震登場！