有230萬人口，其中八成人口為學生的「學園都市」，是比其他地區科技更為先進，並從事「超能力開發」的特殊地區。而整座學園都市中僅有七人的等級5超能力者之一御坂美琴，由於她的能力與個性使然，因而被捲入了學園都市中所發生的種種事件……