《新学伪经考》是奠定康有为变法理论体系的一部主要著作。该书初刻于光绪十七年（1891年）秋七月，光绪二十年（1894年）遭清政府禁毁。1898年，戊戌变法运动中再刻并进呈光绪皇帝。不久，又再度遭禁毁。梁启超赞叹此书是当时“思想界之一大飓风”，其中石破天惊的论断不仅否定了清代正统派汉学的立足点，而且打开了人们重新认识、估价一切传统典籍的闸门，从而冲击了正统学术文化，动摇了“恪守祖训”的观念，解放思想之功不言而喻。

《孔子改制考》始撰于1892年，1898年正式刊行，该书认为，孔子以前的历史都无据可考，孔子遂假托尧舜等古圣先贤的言论行事而作六经，其目的是为托古改制。康有为虚构出一个首创“改制”的孔子，实际上是用近代西方社会政治思想，把孔子打扮成托古改制的“素王”，为其变法造势，以减轻维新变法的阻力。康有为在书中以历史进化论附会公羊学说，宣称人类社会是按照“据乱世”、“升平世”和“太平世”的顺序演变的，相对应的是君主专制时代、君主立宪时代和民主共和时代，以此论证变法维新的必然性，要求因革改制。这被反对派视为“明似推崇孔教，实则自申其改制之义”的“无父无君”的叛逆行为，该书也因此险遭毁版的命运。

《康有为学术著作选:康南海自编年谱(外2种)》收有《康有为自编年谱》和康有为之女康同璧的《康有为年谱续编》，并附录了梁启超著的《康有为传》。《自编年谱》记事止于1898年戊戌变法这一年，《年谱续编》则自1899年起，记至1927年康有为逝世止。它们是了解康氏生平的重要资料。